同时从西南过来的由秦翼明统领的白杆兵和由普应声带领的最后一千云南土司兵也顺利抵达台湾。
之后又在秦翼明到带领下，依照两千人为主力，孙应元辛苦训练的一万台湾军队为辅，开始对盘踞台湾北部中央密林中的台湾土着展开围剿，花了三个月时间，总算是将这些土着剿灭殆尽，基本上不会对大明遗民产生威胁。
到了这个时候轰轰烈烈的围剿大战全部结束。
这也就意味着在台湾的明军唯一的威胁就是台湾南部的荷兰人，而他们也是阻止大明继续对台湾进行大规模开发的主要力量。只要它们不解决，其他的一切都是空谈。
再加上这个时候他们所训练的一万军队，经过三个月的战争考验，战斗力大规模大幅度提升战舰也大量的装备了，新型的重型的红夷大炮，台湾一众文武官员都十分自信的认为现在的明军绝对能够轻松的打败荷兰人。
于是这个时候他们向朝廷递交了他们第一份请战奏者，但是朱由检当时认为时机尚不成熟此时若是发动战争，虽然能够取得胜利，但是可能会付出极大的代价，这样是不划算的。
于是朱由检就否决了他们的请战。
而台湾一众官员并没有这样放弃，一方面他们继续抓紧时间建设军队，增强军队战斗力不断的开垦土地，种植更多的粮食安置，此时在台湾岛上的20万移民让他们过上较好的生活。
另一方面，继续向朝廷送上请战奏折，那是一封接着一封。崇祯元年年底的那一份奏折已经是台湾一众文武官员上奏的第六份奏折了。
由此可见，台湾一众官员求战之心之热切因此，当知道朱由检同意他们的请战请求后，他们就彻底兴奋起来。
仅仅第二天，所有需要参战的军队就集结完毕，所有应该准备的战争物资，不管是粮食还是军械也准备完毕。
之所以他们能够准备的这么迅速都是因为他们在六个月前就已经开始准备这一次针对荷兰人的战争了也就是说，他们对这场战争已经准备了将近六个月，各种战争物资早已齐备。
而且为了能够万无一失，在台湾的锦衣卫千户所在千户骆养性的命令下排出了大量的间谍，前往荷兰人统治地区进行情报查探工作，对于荷兰人在台南地区的军事首位力量进行了详细的了解以及台湾南部的地形地势，水脉都进行了详细的查看，绘制了地图。
在这段时间中，他们早已经根据将荷兰人实力的变化，对作战计划进行了不断地调整，不断的优化原本指定的作战计划，直到一个月前才最终定下了现在准备实行的这一份作战计划。
同时在这个过程中，明军一直根据说不断改变的作战计划唉，邮政所需要的战争物资。
崇祯二年的元月份所有需要准备的东西，我们准备完他们所等待的就是朝廷的作战许可现在找你的多在许可，终于下来了，他们也能够在短短的一天时间内就集结完毕，所有参战的军队，不管是陆军还是水师。
甚至在半年的时间里，所有需要才谈的军队士兵都已经进行了良好动员，因此，在准备全军出动的时候，完全不需要所谓的誓师大会，他们直接就悄无声息的在将军的带领下出动了。
地面攻击部队一共一万两千人由孙应元为总指挥，秦翼明为副指挥，这里面包括善于使用火器的士兵五千人。共带有最新式的燧发枪五千只，红衣大炮一百门新型虎蹲炮三百门。
水师由一万军队，两百艘大中型战舰，一百艘小型战舰由郑芝龙统领。
全军共两万两千人，在崇祯二年正月十八日正式出击，宣告了盘踞在台湾南部十数年的荷兰人的覆灭。
………
而此时在台湾南部的普罗民遮城（今赤嵌楼，即台南）中央的一处最为高耸的宫殿内，荷兰的台湾总督彼得·奴易兹和他最信任的助手汉斯·普特曼斯也正在商议着北方的民国人。
“总督大人，在之前的一年中，北方的明军势力越来越庞大，动作越来越迅疾，据情报人员探查到的消息，现在北方的明军数量已经超过了一万人，而且仅仅是陆军的人数，他们的海军人数也超过了一万人。
这样的实力已经大大超越了吗，我荷兰在台湾的实力，要知道军现在只有两千人，而这两千人人还是包括了海军和陆军的人数海军现在有十艘大中型战舰，仅仅是海军就有士兵一千人，剩下用来守卫热兰遮城和普罗民遮城到陆军今年仅仅有一千人。
总督大人这样的形式极其危险，若是明军两万人全军出动，我后来在台湾的统治，恐怕会岌岌可危。
总督大人，我的意思是现在不如请巴达维亚总督向我台湾出动支援力量，尤其是上一次的请愿仅仅是来了五艘战舰。
我认为若是再派来数量为一千的陆军守卫台南，那么我荷兰在台湾的统治就会异常稳固，甚至还能寻找机会，北攻明军，说不定还能寻找机会，一举攻下台湾全岛。”
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