费尔干纳盆地的战事即将尘埃落定的时候，大明首辅钱谦益也终于对左顺门上书事件拿定了主意。
作为新东林党的党魁，钱谦益的一言一行并不仅仅影响到自己，还影响着整个新东林党的政治倾向。自崇祯皇帝开放党禁以来，大明的官员已经不惮于表明自己的政治倾向，和给自己身上抹上党派的『色』彩。
公开的党派政治理念和党员名单，也使得这些政党对于崇祯来说毫无秘密可言。至于政党的魁首，虽然可以通过政党组织将个人的权力扩大化，但是他们也更担心牵涉上结党营私和密谋反对皇帝这两项罪名，因此对于党员的管理反倒比未开党禁之前更为严格。
当然，政党魁首的权力是加强了，但是因为加入、离开党派的自由化政策，使得一个政党想要维持下去，魁首就不得不对党员作出一定程度的让步，以确保党员的政治理念能够反应在政党的行动决策上，而魁首的行动也要受到政党的制约。
钱谦益在皇帝面前揽下了对于左顺门上书事件的处理权力之后，在新东林党内部顿时掀起了轩然大波。虽说自从皇帝开放党禁之后，京城和各地如雨后春笋般出现了诸多政党社团，但是真正有影响力且能干预到朝政和地方政务的，其实也就只有四个：科学进步党、新东林党、青年学社、复社。
其中复社的政治影响力完全无法同前三者相提并论，只能算是一个南方地区的地方文学社。在崇祯的支持下，科学进步党一直都是朝中人数最多的政党，其主要以工部、吏部、总理衙门、陆军总参谋部及海军参谋本部的官员为核心，而且科学进步党和以京城各大学学生为主体的青年学社关系良好，后者几乎已经成为了前者后备党员的人才储备库。
只不过自从徐光启去世之后，科学进步党一直没能选出一名获得全党上下一致认同的党魁来，现在分成了以温体仁、孙元化、吴淳夫等各自为首的小团体，使得科学进步党的声势下落了不少。
而新东林党这边，自从钱谦益两次组阁之后，这个脱胎于东林党人和传统士绅阶层的政党倒是呈现出了蒸蒸日上的势头。钱谦益为人宽厚，颇有些所谓烂好人的『性』格，因此新东林党内部倒也比从前的东林党人要团结的多。
但是这并不代表新东林党内部没有派系，钱谦益最为倚重的弟子瞿式耜是一派，新东林党在朝中的祁彪佳、刘斯琜是一派，新东林党在地方上的代表何腾蛟、堵胤锡、傅上瑞等人又是一派。
当听闻钱谦益主动要来了对于左顺门上书事件的处理权力之后，瞿式耜和何腾蛟等人认为现在是本党主持朝政，金圣叹、吴伟业等人在这种时刻上书要求皇帝下罪己诏，把天灾和新政联系起来，显然是意有所指。
如果从轻发落金圣叹、吴伟业等人，无疑就是给天下士人发出了一个错误的信号，认为朝廷也并不是完全不认同这些人牵强附会的说法。一旦灾害继续延续下去，这种情绪就会转化为对于朝廷和皇帝的愤怒。
自我大明朝开国以来，乃至历朝历代，只要不是末世，从未听说过有皇帝犯错，而大臣们都是清白无暇的。那么任由这种民间的情绪发酵下去，皇帝固然不得不认错，而执政的新东林党也同样是要被清算的。
因此即便平日里对金圣叹、吴伟业才情颇为赞叹的瞿式耜和何腾蛟两人，此时的意见也是和崇祯一般，主张对这一事件从严从重进行惩处，以警示天下人，不要拿神鬼之说来攻击朝廷的大政方针。
不过祁彪佳、刘斯琜这些京城清流却苦苦劝说钱谦益，要挽救金圣叹、吴伟业两人，认为他们乃是读书种子，人才难得。更何况，根据天人感应之说，他们两人讲的也并不为过。陛下这些年的行事的确是有些过分，不仅处处有违伦理纲常，现在连士大夫们的体面都不给了，直接要求士大夫和平民一样纳粮服役了，这还不许别人抱怨几声么。
钱谦益一向优柔寡断，在两方人员的交替说情下，更是迟迟未能作出决定。新东林党剩下的中间派党员也因为钱谦益的软弱『性』子而感到失望，开始渐渐为两派所分化。于是左顺门上书事件尚未有定案，新东林党内部倒是差点因此而闹出分裂来了。
朝中官员不是加入了科学进步党就是新东林党的党员，至于剩下的那些小团体现在都已经差不多自行解散，选择两党之一加入。新东林党的内部分裂，对于科学进步党的党员们来说，就和隔岸观火一般开心，毕竟他们加入政党的目的也是为了上进，新东林党的连续执政，已经让不少科学进步党的党员们甚为眼红了。
比如温体仁看到左顺门事件的发展之后，就有些跃跃欲试了起来，他同自己的党羽唐世济、谢升商议着，想要趁机再给钱谦益放一把火，让其从首辅的位置上主动退下来。
就在这样的风雨飘摇的处境中，钱谦益终于决定听取柳如是给他的建议，大张旗鼓的查办此案，但是却一个不杀。这样既能够满足皇帝和党内强硬派的要求，却又不会太过得罪清流和江南士大夫们。
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